群馬大学大学院医学系研究科は、日本における医学・医療研究の拠点として、また、北関東における医学教育の拠点として、先端的な研究・教育を推進するとともに、倫理観と高度な医学知識・医療技術を併せもつ医師・医療人・医学教育者・医学研究者を育成し、社会に貢献しています。また、その研究や活動の成果を世界に発信しています。

　医学系研究科には、医科学専攻（博士課程：４年制）と生命医科学専攻（修士課程：２年制）の２つの専攻があります。昭和18年に設置された前橋医学専門学校は、昭和24年に群馬大学医学部となり、昭和30年には医学部に大学院（博士課程）が設置されました。平成13年度に医学系研究科は、医科学専攻（博士課程）と保健学専攻（修士課程）の２専攻となりました。平成15年度には、医学系研究科医科学専攻が部局化される一方、保健学専攻に博士課程（後期）が設置されてそれまでの修士課程は博士課程（前期）となりました。さらに平成19年度には、生命医科学専攻（修士課程）が設置されました。平成23年度に保健学研究科が部局化され、医学系研究科から独立しました。これにより、昭和キャンパスにおける２大学院３専攻よりなる大学院の体制が整いました。

　医学系研究科には、協力講座として医学部附属病院診療部及び群馬大学生体調節研究所と群馬大学重粒子医学研究センターが、また連携講座として日本原子力研究開発機構高崎量子応用研究所が参加しています。医科学専攻は、４系８大講座から構成されています。生命医科学専攻は、大きく基礎医学系、臨床医学系、協力・連携講座に分かれています。各講座は重点研究課題を設定し、基礎・臨床医学講座融合型の大講座単位での総合的な研究を推進しています。医科学専攻には社会人特別選抜コースが設置されており、すでに医学・医療の分野で勤務している社会人が大学院に入学し、研究を進めることができるようになっています。

　群馬大学には日本の大学では唯一の重粒子線照射施設が設置されており、平成22年から重粒子線によるがん治療が開始されました。放射線治療の実施には、多くの放射線照射医や医学物理士が必要です。重粒子線治療に携わる医学物理士の養成をめざして、平成21年度から生命医科学専攻に「医学物理」コースを設けています。

　生体調節研究所と医学系研究科が秋田大学大学院医学系研究科と共に取り組んでいるグローバルCOEプログラム「生体調節シグナルの統合的研究」では、それぞれの大学が連携しながら世界水準の研究・教育を飛躍的に発展させる仕組みを構築しています。大学院生や優れた若手研究者が集まり、最先端の研究拠点が形成されています。

　このほか、医学系研究科、医学部医学科を中心として以下のような文部科学省の支援する教育研究プログラムが進行しています。
1) がんプロフェッショナル養成プラン　「北関東域連携がん先進医療人材養成プラン」
2) 大学病院連携型高度医療人養成推進事業　「関東・信州広域循環型専門医養成プログラム —専門医育成と医師不足解消を目指して—」
3) 科学技術振興調整費 若手研究者の自立的研究環境整備促進プログラム　「若手先端科学研究者の研究環境改革」
4) 大学教育・学生支援推進事業大学教育推進プログラム　「人体解剖とCTの統合による先駆的医学教育」

　これらのプログラムを通して、大学院生への研究費の支援、国際学会での発表支援、高度専門教育の推進などが計られています。将来、医学研究・医療・生命医科学の分野で活躍することを希望している大学生が、群馬大学大学院医学系研究科に集い、21世紀の医学・生命医科学の創造に参加されることを希望しています。